In Slam Dunk le squadre sono divise in prefetture, in ogni prefettura si svolge la qualificazione per il campionato nazionale, in cui le migliori squadre di tutte le prefetture del Giappone si sfidano per la vittoria. Le principali prefetture sono:

Kanagawa (Shohoku, Ryonan, Kainan, Shoyo)

Akita (Sannoh)

Shizuoka (Josei)

Aichi (Meiho Kogyo, Aiwa Gakuin)

Osaka (Toyotama, Daiei Gakuin)

Kanagawa

Shohoku: La squadra protagonista del manga è una squadra molto forte che nel corso del suo cammino diventa sempre più temibile. Tutti i componenti della squadra hanno elevate capacità e con un ottimo gioco di squadra riescono a sconfiggere avversari molto forti. Lo Shohoku riuscirà ad accedere al campionato nazionale dopo aver conquistato il secondo posto nelle eliminatorie della prefettura. Durante il campionato nazionale darà il meglio di sè ma verrà sconfitta dall'Aiwa Gakuin e purtroppo Akagi, capitano della squadra non riuscirà ad esaudire il suo più grande sogno: vincere il campionato nazionale. L'asso della squadra è Kaede Rukawa, una matricola davvero fuori classe che mette in difficoltà avversari più esperti di lui 

Ryonan: un ottima squadra che però non ha molti elementi forti in squadra. Le due colonne portanti sono Akira Sendoh e Jun Uozumi. In un amichevole sconfiggono lo Shohoku, poi tentano il grande passo del campionato nazionale ma vengono sconfitti sia dal Kainan che dallo Shohoku. L'asso del Ryonan è Akira Sendoh, uno dei migliori giocatori di Slam Dunk.

Kainan: una squadra davvero forte quella del Kainan che per 17 anni consecutivi riesce ad accedere al campionato nazionale. Il Kainan nelle eliminatorie riesce a s sconfiggere (anche se non senza difficoltà) sia lo Shohoku che il Ryonan. E' una delle migliori squadre del manga e alla fine si qualificherà alle prime posizioni del campionato nazionale. L'asso della squadra è Shinichi Maki, ottimo giocatore conosciuto anche nelle altre prefetture.

Shoyo: lo Shoyo è una squadra molto forte che però non trova il suo spazio, infatti viene inaspettatamente sconfitta dallo Shohoku, squadra emergente, quando il suo obbiettivo era quello di eliminare il Kainan che negli anni passati aveva impedito di far accedere lo Shoyo al campionato nazionale. al colonna portante della squadra è Kenji Fujima, allenatore-giocatore quasi allo stesso livello di Maki. Ottimo giocatore è anche Hanagata che contribuisce a rendere la squadra molto forte. 

Akita

Sannoh: il Sannoh è sicuramente la squadra più forte del manga e nel corso della sua storia riesce a vincere diverse volte il campionato nazionale. Con l'avvento dello Shohoku però il Sannoh viene incredibilmente sconfitto e termina il suo cammino solo alla seconda partita. L'asso del squadra è Sawakita, di certo il giocatore più forte di tutto il fumetto che fin da piccolo si dedicò al basket. Al caratteristica del Sannoh è il suo pressing, che non consente più di un passagio alla squadra avversaria. Durante la partita contro lo Shohoku il pressing manterrà il Sannoh in vantaggio per molto tempo ma successivamente le cose cambieranno e lo Shohoku finirà per trionfare. il Sannoh è una squadra conosciuta praticamente in tutto il Giappone.

Shizuoka

Josei: lo Josei giocherà delle partite di allenamento contro lo Shohoku (una vittoria, una sconfitta e un pareggio) e si dimostrerà una quadra completa e forte. Durante il campionato verrà però sconfitta dal Meiho, squadra esordiente che grazie a Hiroshi Morishige diventa molto temibile.

Aichi

Aiwa Gakuin: una delle squadre più forti dell'intero manga è l'Aiwa, che alla fine sconfiggerà lo Shohoku. Incredibilmente l'Aiwa viene sconfitta alle eliminatorie dal Meiho per la presenza di Hiroshi Morishige, nuova rivelazione del basket giovanile, che farà infortunare l'asso della squadra, Dai Moroboshi, soprannominato "la stella di Aichi". La squadra riuscirà comunque ad accedere al campionato ed a giocare trionfanti partite.

Meiho Gakuin:  una squadra non troppo forte che però grazie alla presenza di Hiroshi Morishige, un giocatore molto forte, riesce a trionfare varie volte

Osaka

Daiei Gaukuin: Una squadra molto forte grazie al suo asso, Atsushi Tsuchiya, che viene citata poche volte durante il corso del manga